La FNSO est dirigée par un comité composé d’un président et d’un délégué par association fondatrice (souvent le président).
Membres du comité :
- Philippe Bauer, président de la FNSO, avocat
- Laurent Zurmuhle, vice-président de la FNSO, président de suissetec neuchâtel
- Grégoire Neuhaus, président de l’ANECEM
- Flavio Di Marco, président de l’ANEPP
- Stéphane Robert, membre du comité d'EIT.neuchâtel
- Vincent Schläppy, président de l’ANTV
- Laurent Vernier, membre du comité de métaltec neuchâtel
Le secrétariat est basé à Boudevilliers. Il est assuré par Mme Sylvie Douillet.
Les statuts de la FNSO : 
voir document joint.
La FNSO est affiliée à :
- Constructionromande
- L’AENE (Associations économiques neuchâteloises)
- La CNCI (Chambre Neuchâteloise du Commerce et de l’Industrie)
- Le BNMB (Bureau Neuchâtelois des Métiers du Bâtiment)
- L’association Capa’Cité
Elle siège aux comités de plusieurs de ces associations pour représenter au mieux les intérêts des entreprises membres.
Par l'intermédiaire de son président, elle dispose d'un axe de communication privilégié avec les autorités cantonales et les diverses autorités communales de la région.
